Una descripción convencional de la fundación de Guaynabo se limitaría a relatar que aunque recibió su declaratoria como pueblo en 1723, no será hasta el año 1768 - cuando se estableció la Iglesia, separada de la de Río Piedras -, que obtendrá su título de partido o Municipio; que su nombre es de origen indo-antillano; que algunos cronistas - Fray Iñigo Abbad y Lasierra, por ejemplo -, al escribir el nombre de Guaynabo, cambiaban la letra inicial G por la B, para así llamarle Buinabo o Buynabo; que fue una de varias poblaciones establecidas por el gobernador español Miguel de Muesas; que la municipalidad fue despojada de su categoría como tal en 1870 cuando los barrios de que estaba compuesta se dividieron entre Río Piedras y Bayamón, y que fue restablecido como Municipio en 1912.
Pero sería esa una descripción que no abarcaría toda la rica historia social, cultural, política y económica de Puerto Rico - desde los primeros días de su Historia - que está presente en este "lugar de agua dulce" - es decir, en Guaynabo - como exclamaron quienes llegaron al área junto al cacique Mabó en búsqueda de un sitio apropiado para establecer su yucayeque. Para los taínos, la raíz Guay significaba "He aquí"; na significaba "lugar"; abo era lo mismo a decir "agua dulce", "río" o "vida".
De ahí la exclamación de los acompañantes del cacique: "He aquí otro lugar de agua dulce". Para los indios de Borinquen los ríos eran elemento vital, pues de ellos obtenían alimentos para su subsistencia así como les permitían su aseo personal.
Iniciado el proceso de colonización en 1508, Juan Ponce de León - designado al año siguiente Capitán General de Tierra y Mar de la Isla, y Gobernador en 1510 - seleccionó a Guaynabo para fundar el primer poblado español en la Isla. El poblado se estableció en Caparra. De manera que, con certeza histórica, hay que reconocer a Guaynabo como la primera Capital de Puerto Rico.
En su reconocida Historia de Puerto Rico, Don Salvador Brau narra:
"La isla era muy frondosa; prometía gran fertilidad; desde sus montañas se divisaban extensas bajuras, propicias para el fomento de la ganadería; los ríos arrastraban oro en sus arenas, y los indios, lejos de hostilizar a los extranjeros se allanaban con mansedumbre a sus deseos, teniéndolos por seres superiores. Con tales condiciones la colonización prometía fácil utilidad, y decidido a intentarla, tornóse Ponce de León a su domicilio.
El propio Guaybaná (cacique que era el principal o jefe supremo del Boriquén) lo auxilió en su propósito al dirigirse poco después al Jiguey, sin otro objeto que el de devolver su visita al capitán español, quien aprovechó tal coyuntura para demostrar al confiado cacique los efectos de la cultura española, llevándolo a la ciudad de Santo Domingo, donde Ovando (Gobernador de las Indias) se hacía rodear de una pequeña y aparatosa corte.
La cortesía del Cacique boriquense complació a los sentimientos caballerescos propios del carácter español, apresurándose a tomar parte en la empresa de Ponce de León gran número de pobladores, aunque sólo fue elegido un centenar, por no ser grandes los recursos oficiales que pudieron suministrarse en Santo Domingo.
En enero de 1509 dióse cuenta a España del contrato ajustado entre Ponce de León y Ovando, en el cual no se señalaba al capitán leonés salario alguno por sus servicios en San Juan, si bien se le concedía la mitad de los productos de la colonia, que debía regir como teniente de gobernador, es decir, supeditado a la autoridad del gobernador de la Española. La expedición partió en marzo del mismo año, directamente al Puerto Rico (una gran bahía cerrada y de tan buenas condiciones, que mereció el nombre de Puerto Rico, con el cual se designó luego la ciudad allí fundada, extendiéndose más adelante esa denominación a toda la isla), en cuya banda del sur y a una legua de la costa, se dio principio a la construcción de las habitaciones rústicas que constituyeron luego el pueblo de Caparra".
En Caparra fue construida en 1509 una casa de techo plano, murallas almenadas y merlones. El 1ro. de mayo de ese año, Ponce de León escribía al gobernador de Indias, Nicolás de Ovando, anunciándole:
"fice una casa mediana, con su terrado de pretil, e almenas, e su barrera delante de la puerta, e toda encalada de dentro e de fuera, de altor de siete tapias.".
Aquí vivía el conquistador junto a su esposa e hijos. La casa era, además, fuerte para la defensa del poblado y casa de Gobierno. En ella se guardaban las armas y los documentos relacionados con la colonización. Fue desde ahí que se inició la cristianización de la Isla.
Caparra era el nombre de una ciudad de España localizada cerca de Cáceres, la ciudad natal del gobernador Nicolás de Ovando, quien había solicitado de Ponce de León conferirle el nombre de Caparra al poblado por él fundado.
Entre 1509 y 1511 existían dos poblaciones (o partidos) de españoles en Puerto Rico: la de Caparra en el partido oriental, y la Villa de Sotomayor, en Aguada, en el partido occidental. Sin embargo, Caparra sufría, entre otros males, graves problemas de abastecimiento debido a la distante localización del poblado respecto al mar y a lo pantanoso de sus caminos. Según narra el historiador Don Eugenio Fernández Méndez en su Crónicas de Puerto Rico, estaba el poblado a "una legua de la mar, el cual intervalo era todo de ciénagas y muy trabajoso de traer los bastimientos a la villa". Narra que el poblado contaba con poca o ninguna seguridad en caso de ataques. De hecho, en 1512 los indios atacaron e incendiaron la Villa de Caparra, destruyendo una treintena de casas de paja y las pertenencias que en ellas había. Para 1511 se había cambiado el nombre de la Capital de la Isla - Caparra - por el de Ciudad de Puerto Rico. En 1513 Ponce de León se alejó de Caparra y se dirigió en búsqueda de la Isla de Bikini, en las Bahamas, motivado por quienes afirmaban que existía allí una fuente de aguas milagrosas y que todos cuanto tomaban esas aguas recuperaban la juventud. El 27 de marzo de ese año Ponce de León descubrió la península de La Florida.
El nombre se ajustaba al dato de que la península había sido descubierta el Domingo de Pascua, que en España se conocía como el Día de la Pascua Florida. Entre junio y julio de ese año, los indios Caribe, aprovechando que Ponce de León se hallaba ocupado en su empresa de descubrimiento, invadieron Caparra. Antes de que fueran puestos en fuga, prendieron fuego al poblado, cuya iglesia ardió hasta los cimientos. Mientras transcurría el tiempo, Ponce de León seguía en su empeño descubridor. En 1514 recibió el título de Adelantado de La Florida y Bikini. En un segundo viaje a ambos lugares en 1521 se vio envuelto en una escaramuza en Bahía de Carlos en la costa de La Florida. Recibió una herida de flecha, de la que murió poco después mientras era atendido en La Habana.
Muerto Ponce de León, la Capital - Caparra - fue trasladada a San Juan Bautista, donde se halla actualmente. Hubo que esperar al fallecimiento de su fundador, ya que éste, en numerosas ocasiones, se había opuesto al traslado que impulsaban varios pobladores. Cada vez que se iniciaba una campaña para el traslado, Ponce de León persuadía al Rey para que se opusiera a las gestiones de traslado. En San Juan Bautista se levantaron unas 80 casas, la mayoría de madera techadas con hojas de palma, como también estaba construida su iglesia.
Caparra fue abandonado y la casa del conquistador fue parcialmente destruida. A principios de 1938 el Historiador Oficial de Puerto Rico, Don Adolfo de Hostos, descubrió las ruinas del poblado sobre el camino de San Juan a Bayamón.
Las ruinas fueron entregadas poco después al Instituto de Cultura Puertorriqueña. Bajo la dirección del arqueólogo Ricardo Alegría se excavó nuevamente el área, descubriéndose valiosos objetos de interés arqueológico. El ICP consolidó los muros de la casa y convirtió los alrededores en un parque. Luego, la Asamblea Legislativa asignó al ICP los fondos necesarios para construir junto a las ruinas un pequeño museo en el que se pudiera instalar todo el material descubierto durante las excavaciones, incluyendo los objetos relacionados con la historia de la conquista y colonización de Puerto Rico.